سبب صعوبات التعلم هو اختلاف في بنية الدماغ لدى الطفل، وهذا الاختلاف يكون موجودا عند الولادة، وغالبا ما يكون وراثيا. وهو يؤثر على الكيفية التي يقوم بها الدماغ بمعالجة المعلومات. هذه المعالجة هي الوظيفة الرئيسية التي تساهم في التعلم.
قد تؤثر صعوبات التعلم على الكيفية التي يتعلم بها الطفل القراءة والكتابة والاستماع والتحدث والحساب. هناك أنواع كثيرة من صعوبات التعلم وهي تؤثر على الأفراد بشكل مختلف.
صعوبات التعلم لا تعكس حاصل ذكاء الطفل ولكنها تشير الى صعوبة قيام الطفل بمهام تعلمية معينة.
ان صعوبات التعلم ليست نوعا من الإعاقة العقلية أو الجسدية، مثل الإعاقة الفكرية أو التنموية، أو الصمم، أو العمى. ولكن، قد تحدث صعوبات التعلم بالتزامن مع الإعاقة العقلية أو الجسدية.
لا يمكن تشخيص الأطفال الذين يعانون من صعوبات في التعلم على أساس فحوصات جسدية كحدة الرؤية أو السمع مثلا، ولا يمكن الاستناد في تشخيصهم على نتائج الفحوصات العصبية. تعتبر صعوبات التعلم تأخرا ضمن النطاق الزمني الطبيعي لتطور النمو الا اذا تداخلت بشكل كبير مع الأداء المدرسي والوظائف التكيفية للطفل.